De veranderingen in de werkwijze van het Museumregister vanaf 2016 hebben ook gevolgen voor de opzet van de organisatie.
In 2016 zullen er geen auditoren meer in dienst zijn bij het Museumregister. Dit betekent dat zowel Bonnie Nilhamn als Gertrude van der Veen afscheid nemen. Hiske Land en Ellen Steendam zullen het bureau nog even blijven ondersteunen bij de afronding van auditwerkzaamheden. Vanaf medio 2016 zal het Museumregister gaan werken met een team van zelfstandig werkende auditoren. Hiervoor zal een lijst van erkende auditoren worden samengesteld.
Binnen het bureau zal Anneloes Kelder, die inmiddels haar Master Sociologie heeft behaald, voorjaar 2016 opgevolgd worden door een nieuwe officemanager, die zowel de secretariële als ICT-taken onder de hoede zal nemen.
Voorts worden de verantwoordelijkheden van de registratiecommissie in 2016 uitgebreid. Vanaf 2016 zullen besluiten van de registratiecommissie amtshalve bekrachtigd worden door het bestuur, zonder inhoudelijke extra toets. Aangezien de commissie steeds meer te maken krijgt met de beoordeling van complexe situaties, bijvoorbeeld bij meerdere rechtspersonen bij cultureel ondernemerschap, zal de commissie versterkt worden met een commissielid vanuit een fiscaal-juridische hoek.